Chi si trova a visitare Mottola non può rinunciare all'esplorazione delle chiese rupestri, disseminate nelle incisioni naturali del paesaggio, le quali rappresentano manifestazioni architettoniche e artistiche dell'organizzazione territoriale, civile e religiosa del Medioevo pugliese. Un itinerario tra le chiese affrescate più suggestive della zona conduce lungo la scarpata murgiana, in direzione di Palagiano, sul lato di Mottola rivolto verso il mare. La segnaletica guida verso questi tesori.

Una delle chiese, quella di San Nicola (XI secolo), è conosciuta come la "Cappella Sistina in rupe" grazie alla ricchezza degli affreschi. Esternamente, presenta una lunetta sul portale con l'immagine sbiadita del santo titolare. All'interno, un'aula divide la zona presbiterale con un triforio. L'abside principale ospita la Deèsis, una preghiera d'intercessione con la Vergine e il Battista a Cristo, tipica delle chiese funerarie.

Nella chiesa su due piani di Sant'Angelo (XIV secolo), una delle cripte più importanti nel villaggio di Casalrotto, sono visibili due Deêsis. La parte superiore presenta una forma pressoché quadrata con doppio ingresso e quattro pilastri. Una scalinata conduce alla cripta inferiore, dove è conservata una Deèsis con il Cristo Pantocratore, San Basilio e Sant'Andrea. La cripta inferiore mostra tombe a fossa ben visibili.

Le chiese rupestri presentano cicli agiografici interessanti, tra cui le Passio, raffigurazioni delle scene di martirio in sintonia con il gusto pittorico bizantino medievale. Nella chiesa di Santa Margherita (XIII-XIV secolo), la santa è rappresentata due volte, con una notevole narrazione della Passio in dodici pannelli sulla parete laterale. Le scene seguono l'ordine cronologico della vita della santa, culminando con la sua tortura e decapitazione. Santa Margherita è raffigurata frontalmente nella consueta iconografia della vergine-martire, con la mano sinistra aperta e la destra che sorregge la croce, simbolo del martirio.

La chiesa rupestre di San Gregorio, risalente all'XI-XII secolo, è uno straordinario complesso ipogeo con affreschi di grande pregio. Caratterizzata da una pianta basilicale a croce greca, presenta soffitti scolpiti, archi a tutto sesto e tre absidi semicircolari. Il maestoso Pantocratore nell'abside centrale, datato tra XII e XIII secolo, è paragonato al mosaico di Monreale. Affreschi popolareschi del XIII-XIV secolo raffigurano la Vergine con Bambino e San Bartolomeo, mentre un San Nicola del XIV secolo mostra influenze bizantine. Scoperta negli anni '70, questa chiesa rupestre è un gioiello artistico e storico.